La fonction principale du Cil est de garantir la protection des données personnelles utilisées par le biais de traitements informatiques automatisés.

• On entend par donnée à caractère personnel : toute information relative à une personne physique, identifiée ou susceptible de l’être, directement ou indirectement, par référence à un numéro d’identification (ex : n° de sécurité sociale) ou un ou plusieurs éléments qui lui sont propres (ex : biométrie, photo…).
• On entend par fichier : tout ensemble structuré et stable de données à caractère personnel accessibles selon des critères déterminés.
• On entend par traitement : toute opération de collecte, enregistrement, organisation, conservation, modification, extraction, consultation, utilisation, communication, rapprochement, interconnexion, verrouillage, effacement, destruction (ex : bases de données, applications cartes à puce, sites web, transferts de fichiers sur internet…)

Il est établi par la loi de 2004, que tout traitement de données à caractère personnel doit faire l’objet d’une déclaration, celle-ci variant selon la nature du traitement :

• en cas de traitement ordinaire ou encadré par un acte réglementaire publié par la Cnil, la désignation d’un Cil dispense de la déclaration à la Cnil ; ces traitements doivent simplement être consignés par le Cil dans un registre des traitements I&L, consultable à la demande (en cours d’élaboration) ;
• en cas de traitement de données dites sensibles (données relatives aux origines ethniques, aux convictions politiques, philosophiques, ou religieuses, à l’appartenance syndicale, à la sexualité et à la santé, numéro de sécurité sociale...), ou de "téléservice de l'administration", la demande d’autorisation ou d’avis à la Cnil, est instruite et  transmsie à la Cnil par le Cil.

Le Cil doit :

• être consulté préalablement à la mise en oeuvre de tout traitement comportant des données à caractère personnel, et effectuer, le cas échéant, les formalités déclaratives à la Cnil ;
• effectuer le recensement des traitements existants ;
• sensibiliser et informer des personnels et des étudiants concernant leurs droits vis-à-vis des données à caractère personnel.